Današnja crkva Sv. Frane sagrađena je u XV. st. u franjevačkoj gotici, čiji je stil kasnije doživljavao razne preinake. Sadašnja “stilska” forma potječe iz 1854. godine. Creska plemićka obitelj De Petris (Petrić) proširuje crkvu 1520. time što joj dodaje jednu kapelu u renesansnom stilu. Kapela je otvorena prema crkvi kroz tri polukružna luka, dok je sama kapela podijeljena lukovima u tri prostora, a svaki od njih ima kružna luka, dok je sama kapela podijeljena lukovima u tri prostora, a svaki od njih ima kružni svod s kamenim lukovima. U sredini kapele nalaze se orgulje iz 1904. godine s 18 registara. Na suprotnoj strani kapele nalaze se dva mramorna oltara iz XVIII. st. Glavni oltar je preinačen 1980. prema novim liturgijskim propisima, a sagrađen je od mramornih dijelova staroga glavnog oltara iz XVIII. st. Nad oltarom je viseći drveni križ s korpusom iz XVII-XVIII. st. U apsidi nalaze se izrezbarena korska sjedala iz XV.st., u gotskom stilu. U sredini apside je intarzirano sjedište iz XVII. st. za svećenike, a iznad sjedišta je velika slika na platnu Sv. Franje, koju je izradio 1857. padovanski slikar Ferdinand Schuman. Crkvi je nadograđen 1695. vrlo lijepi zvonik.
Samostan se sastoji od dva klaustra: velikoga i maloga. Veliki klaustar je sagrađen početkom XVI. st. Služio je, među ostalim, kao i crkva, za ukop uglednih mještana. U sredini klaustra sagrađena je između 1554. i 1560. velika i impozantna cisterna, koja je u slučaju velikih nestašica vode služila i potrebama pučanstva. Klaustar je obogaćen 1985. brončanim bistama četiriju vrhovnih poglavara Reda franjevaca konventualaca. Sva četvorica su rođena u Cresu i u ovom samostanu stekla svoje prve franjevačke ideale.
U velikom klaustru je također i vrijedan sakralni muzej preko kojega se mogu u najbitnijim crtama upoznati ne samo vrijedni predmeti i uspomene koje samostan posjeduje, nego i dostignuće duha i uma mjesta Cresa i fratara koji su ovdje živjeli i radili. Muzej posjeduje vrijedne slike, skulpture, crkveno posuđe, crkveno ruho, kodekse, inkunabule, vrijedne knjige znanstvenog i liturgijskog sadržaja, korale ukrašene minijaturama, dokumente iz arhivske građe, razne uporabne predmete i alate i dr.
Vrata na istočnoj strani velikog klaustra vode u mali klaustar, koji je sagrađen u XV. st. U njemu se također nalazi cisterna za vodu, za fratre. Na južnoj strani maloga klaustra nalaze se vrata koja vode u vrt samostana. Odmah na izlazu s lijeve strane nalazi se mali “opservatorij” ubikacije s pojedinih europskih gradova, dok na zidu samostana stoji uočljiva i zanimljiva sunčana ura.