Samostan posjeduje vrlo bogatu biblioteku i arhiv. Fundus biblioteke obuhvaća preko 10.000 svezaka, u kojima je sačuvan kontinuitet knjigotiska od samih početaka sve do danas. Veliki broj inkunabula i knjiga iz XVI. st. predstavlja posebno bogatstvo biblioteke. Knjige su religioznog i svjetovnog sadržaja. To bogatstvo odraz je i duhovne potrebe i kulture braće koja su u samostanu živjela. To je ujedno i zahtjev vremena, budući da su u samostanu, uz konstantnu redovničku zajednicu, nekada bili i sjedište Provincije, i sjemenište za cijeli Red franjevaca konventualaca, i novicijat – koji je i danas prisutan — pa čak i gradska gimnazija. Posebni značaj biblioteci daju starohrvatske liturgijske knjige pisane hrvatskim pismom – glagolicom. Tu spada i vrlo rijetki primjerak (do sada su poznata samo dva) drugog izdanja hrvatskoga glagolskoga misala tiskanog 1494. u Senju.Samostanski arhiv obuhvaća obilje pergamena (prva datira iz 1387.) i druge rukopisne građe u kojima se čuva živa uspomena na život samostana i njegove braće, Provincije i cijelog Reda. Tu su i zbirka muzikalija kao i ostali dragocjeni povijesni izvori za Cres i druge povijesne dogodovštine koje su se izmjenjivale nad ovim podnebljem. Svaka pojavnost u svijetu ima životnu logiku, svoj stil, svoju znakovitost i svoju poruku. U tom duhu treba promatrati cjelokupnu povijest samostana i crkve Sv. Franje u Cresu i sinova Sv. Franje Asiškog, koji su ovdje, od samih početaka pa sve do današnjeg dana, živjeli, radili i molili, naviještajući svim ljudima u Kristovo ime »Mir i Dobro«. Ovaj stil života franjevačke poruke i dandanas ljubomorno njeguje samostanska zajednica braće prema svim ljudima dobre volje.

> Senjski misal

> Zbirka prvotisaka